La localidad de Sena remonta su historia varios milenios atrás, y de esta presencia humana quedó constancia en la media docena de yacimientos arqueológicos documentados que tiene el municipio. En los últimos años, dos de ellos han sido excavados, proporcionando valiosa documentación e interesantes hallazgos materiales.
El yacimiento de Las Valletas, que adopta el nombre del paraje de su ubicación, en el entorno del río Alcanadre, data de finales de la Edad de Bronce y principios de la Edad de Hierro.
El denominado “Peñetas de Manolo” es un asentamiento de hace 3.000 años, con restos materiales, que fue eliminado casi por completo para instalar un cementerio visigodo del siglo V de nuestra era en el mismo lugar. Esta necrópolis milenaria resulta clave para comprender la prehistoria en la zona del bajo Alcanadre, poco estudiada hasta ahora, y en 2017 sacó a la luz dos urnas y una tapadera, datadas en torno al año 1.000 A.C. de la cultura de Campos de Urnas, un rito importado de pueblos centroeuropeos y que en la península ibérica se dio de manera casi exclusiva en el noreste. También dio un hallazgo excepcional: una cantimplora de madera, conservada en el Museo de Huesca.
De la presencia romana queda constancia gracias a la columna de la lonja del edificio del ayuntamiento, reaprovechada siglos después, y en la toponimia actual de la localidad. Durante la edad media, el destino de Sena fue estrechamente ligado a la presencia del Real Monasterio de Sijena, vínculo que todavía perdura hoy. El archivo del monasterio guarda numerosa documentación relativa a la localidad de esa época, como los Quinque libri de la iglesia parroquial, libros del justicia o de las cofradías, hoy depositados en el fondo del Archivo Histórico Provincial de Huesca.
Poseedora de una rica y fértil huerta en la vega del Alcanadre, además de olivares y almazaras, disfrutó de mercados y sus vecinos se ganaron tradicionalmente la vida con la venta de sus afamados productos.
Pero el nombre de Sena quedó grabado para la historia la mañana del 17 de noviembre de 1773 cuando, en torno a las 12.30 horas, cayó un meteorito en las inmediaciones de su huerta, el primero documentado en España y hoy visible en la sección de geología del Museo de Ciencias Naturales del CSIC.